根據國史館的調查，「牡丹社事件」是指臺灣原住民與琉球人民間的衝突，與之後引發日軍犯臺所引起的外交紛爭，包含西元1871～1874年，這4年間的連續演變。
西元1871年，因琉球船隻漂流至臺灣，船員與原住民發生誤解遭殺害。當時琉球本是中國的藩屬，但早就垂涎臺灣的日本，利用琉球人被殺的機會，聲明琉球屬於日本，以作為未來出兵臺灣的藉口。
西元1874年(同治13年)，日本出兵臺灣，與恆春半島上的原住民激戰數月，牡丹社原住民雖迫於日軍優勢武力而投降，但因臺灣南部氣候溼熱，瘧疾等傳染病危害甚烈，日軍水土不服，傷亡不少；且日本國內無大規模對外征戰能力，財政亦不充裕。
最後日本擔心傷亡太嚴重，為了儘快結束戰爭，就向清廷施壓，迫其簽訂和約。結果清廷賠償50萬兩，並承認「日本是為了保護琉球人民而進兵臺灣」。此後，日本便根據這個條款，主張清廷承認琉球是日本的藩屬。
日軍侵犯臺灣時，清帝國派沈葆楨來臺展開防務工作，並加強相關建設。
