西元1930年，由於長期受到壓迫，莫那魯道率領族人襲殺日人，遭到總督府嚴厲鎮壓，造成族人死傷慘重。日本國內和國際輿論紛紛責此次的鎮壓行動，臺灣總督因此下臺。
事後，總督府改變統治手段，強調警察應該善待原住民、逐步改變山區的風俗文化，並將山區原住民集體往山下遷徙，影響原住民原有的部落組織型態。
原住民在霧社事件後意識到難以武力抗日，逐漸接受日本統治。第二次世界大戰後期，部分原住民自願或受徵調，組成高砂義勇隊遠赴南洋戰場作戰。
