西元1684年，康熙在統整思考兩派意見後，採納施琅等贊成派官員的意見，將臺灣收入版圖，但實際控制範圍未及於整個臺灣。
清帝國將臺灣納為領土後，最初劃為福建省的一「府」，府下設諸羅(今臺南市北部以北)、臺灣(今臺南市南部)、鳳山(今高屏地區)三縣，其行政區劃大體沿襲鄭氏舊制。
