余清芳於西來庵利用宗教聚會，喚起民眾對日本殖民統治的不滿，並分發神符堅定成員抗日的信心和決心，南北成員迅速增加。後見時機成熟，便建立「大明慈悲國」，等待時機在臺南噍吧哖一帶起事抗日。
發動運動之始，由於日本警察措手不及，順利攻占幾處派出所。但不久後即面臨當局強力鎮壓，在總督府搜捕與誘降的戰略奏效之下，主謀余清芳與江定等人被逮捕，以《匪徒刑罰令》判處死刑。
由於余清芳率眾攻打噍交吧哖年(今臺南市玉井區)附近的派出所，故此事件又稱噍吧哖事件。
